Şanlıurfa Suruç Devlet hastanesinde 2010-2011 yılları arasında mecburi hizmetini tamamlamış daha sonra 2010 yılında İsviçre Merkezli AO Trauma Foundation bursu ile orta İngiltere'nin en yoğun travma merkezi olan Nottingham Üniversitesi Queen’s Medical Centre, İngiltere’de de , “Ortopedik İleri Travma - Çoklu diz bağ yaralanmaları - Pelvik yaralanmalar” konularında deneyimlerini arttırmıştır.
İstanbul Bilim Üniversitesi Şişli Florence Nightangale Hastanesi El Cerrahisi Bilim Dalı’nda 2013-2014 yılları arasında yardımcı doçent olarak çalışmıştır.
2014 yılında Avrupa Ortopedi-Travmatoloji Derneğinin (EFORT) Mark Paterson/BJJ EFORT bursunu alarak Londra, Nottingham ve Edinburg’da ziyaretçi gezici doktor olarak görev aldıktan sonra 2015 yılındaAvrupa El Cerrahisi Derneği bursu ile Pulvertaft El Cerrahisi Merkezinde El Bilek Artroskopisi ve Mikrocerrahi alanlarında çalışmıştır.
Türk Ortopedi Travmatoloji Derneği Spor Travmatolojisi Şubesi yönetim kurulunda 2015-2017 yılları arasında görev almıştır.Ve geleneksel Dizde İleri Artroskopi kursunun düzenlenmesi aşamasında yer almıştır.
2015-2016 yıllarında Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesinde El Cerrahisi Bilim Dalı Başkanlığını üstlenmiş, Doçentlik ünvanını almıştır.Daha sonra İstanbul Kadıköy Florence Nightingale Hastanesinde ağırlıklı o Travma Cerrahisi, Omuz-Dirsek-El Cerrahisi ve Kalça Artroskopisi ve Spor yaralanmaları üzerine de çalışmaya devam etmekte,hastalarına hizmet vermektedir.
Prof Dr Egemen Altan İstanbul Florence Nightingale Hastanesi Karaciğer Nakil Ekibinde yer alarak mikrocerrahi konusundaki deneyimlerimi organ nakli konusunda devam ettirmektedir 2017 yılında Avrupa Spor Travmatolojisi-Diz Cerrahisi ve Artroskopisi Derneğinin (ESSKA) 3 senede bir Avrupadan 3 cerraha vermiş olduğu prestijli bir burs almış olup, Latin Amerika bursunu kazanmış, Meksika-Brezilya-Arjantin-Bolivya-Şili'deki farklı merkezlerde 3 hafta boyunca davetli doktor olarak farklı kültürler içinde birlikte çalışma fırsatı da bulmuştur.
Literatürde yayınlanmış pek çok çalışması bulunan Egemen Altan 2020 yılında Profesör ünvanını almış ve 2021-2023 yılları arasında da görev yapmak üzere Türk El ve Üst Ekstremite Cerrahisi Derneği yönetim kuruluna seçilmiştir.