Uzmanlık eğitimini tamamladıktan sonra, SB Sivas Doğum ve Çocuk Bakımevi Hastanesinde 1998-2000 yılları arasında Radyoloji uzmanı olarak çalışmıştır.
2000-2003 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Radyodiagnostik Anabilim Dalı’nda yardımcı doçent olarak çalışmıştır. 2003 yılında doçent unvanına sahip olmuştur.
2003-2009 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Radyodiagnostik Anabilim Dalı’nda doçent olarak çalışmıştır. Bu süreçte kasım 2004-nisan 2005 tarihleri arasında Department of Radiology, University Hospital of Cleveland, Case Western Reserve University, Cleveland, Ohio, USA’da researh fellow (Body Imaging: Ultrasound & Computed Tomography) olarak çalışmıştır. Ağustos 2009’da Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Radyodiagnostik Anabilim Dalı’nda profesör olarak atanmış olup Ekim 2010 tarihinde bu kurumdan ayrılmıştır.
Ekim 2010- Temmuz 2015 tarihleri arasında Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Radyoloji Anabilim Dalı’nda profesör ve Radyoloji Anabilim Dalı Başkanı olarak çalışmıştır. Ağustos 2015-Ağustos 2016 tarihleri arasında Yeditepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Radyoloji Anabilim Dalı’nda profesör ve Radyoloji Anabilim Dalı Başkanı olarak çalışmıştır. Eylül 2016 – Mart 2017 tarihleri arasında Özel Doğa Hospital’da radyoloji uzmanı olarak çalışmıştır.
Mart 2017- Ağustos 2020 tarihleri arasında Bahçelievler Medikal Park Hastanesinde radyoloji uzmanı olarak çalışmıştır. Ağustos 2020- Eylül 2020 arasında tekrar Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Radyoloji Anabilim Dalı’nda profesör olarak çalışmıştır. Kasım 2020 tarihinden itibaren Bahçelievler Medikal Park Hastanesinde radyoloji uzmanı ve girişimsel radyoloji uzmanı olarak çalışmaya devam etmektedir.
Türkiye'de verildiği 2016 yılından itibaren geçerli Türk Radyoloji Derneği ve CIRCE (Cardiovascular and Interventional Radiological Society of Europe) tarafından tanınan Türk Girişimsel Radyoloji Diploması'na sahiptir.
2000 yılından itibaren (Fırat Üniversitesinde yardımcı doçent olarak başladığı akademik hayat boyunva ve sonrasında) özel ve yoğun olarak abdominal radyoloji (karın bölgesi görüntülemesi), girişimsel radyoloji ve genitoüriner radyoloji alanları ile ilgilenmektedir.
Türk Radyoloji Derneği, Tıbbi Ultrasonografi Derneği,Türk Manyetik Rezonans Derneği, Türk Girişimsel Radyoloji Derneği, CIRCE (Cardiovascular and Interventional Radiological Society of Europe), ESGAR (European Society of Gastrointestinal and Abdominal Radiology) (Fellow),ESR (European Society of Radiology), ESUR (European Society of Uroradiology) (Fellow),Korean Society of Radiology (international membership) ve RSNA (Radiological Society of North America) (corresponding member) derneklerine üyedir.
Ulusal ve uluslararası toplantılarda 100'ün üzerinde davetli konuşmacı - oturum başkanı olarak görev yapmıştır.
100'ün üzerinde uluslararası yayını mevcut olup SCI kayıtlarına göre çalışmalarına 1000'in üzerinde atıf yapılmıştır.
Scopus verilerine göre 120 çalışmanın 117’sine 1116 atıf yapılmış olup h-indexi 19‘dur
Google Akademik verilerine göre 120 çalışmaya 2394 atıf yapılmış olup h-indexi 28’dir
SCI verilerine göre 103 çalışmaya 1056 atıf yapılmış olup h-indexi 18’dir.
Prof.Dr. KOCAKOÇ, 3 adet uluslararası kitap bölümü yazmıştır. Bunlar genitoüriner radyoloji alanındadır.
Karın bölgesi radyolojisi ile ilgili Türkiye'de yayınlanan ilk Türkçe kitap olan "Abdominal Radyoloji" isimli editörlüğünü yaptığı bir adet kitabı mevcuttur.
Prof.Dr. Ercan KOCAKOÇ’un aldığı ödüller:
1-ECR (European Congress of Radiology) 2002: 1-5 Mart 2002 (Viyana). Image interpretation. 3.lük ödülü.
2- Interpretation Corner of European Radiology 2003: En fazla doğru cevap 2.lik ödülü.
3- Cases of the days (ESGAR 2007, Lizbon-Portekiz): En fazla doğru cevap 2.lik ödülü.
4- Türk Radyoloji Kongresi, TURKRAD 2007 (28. Ulusal Radyoloji Kongresi; 27-31 Ekim 2007, Antalya): Seçilmiş bildiri 3.lük ödülü
(Normal prostat dokusu, benign prostatik hiperplazi ve prostat kanseri ayırımında difüzyon ağırlıklı manyetik rezonans görüntüleme)
5- Cases of the days (ESGAR 2009, Valencia-İspanya): En fazla doğru cevap 1.lik ödülü.
Prof.Dr. Ercan KOCAKOÇ’un özel uzmanlık alanları ve ilgilendiği hastalıklar:
• Girişimsel Radyoloji
• Abdominal Radyoloji (Karın bölgesi radyolojisi; 2. uzman görüşü ve danışma)
• Ürogenital Radyoloji (Böbrek-üreter ve idrar yolları, erkek-kadın üreme sistemi radyolojisi; 2. Uzman görüşü ve danışma)
• Ultrasonografi ve Doppler Ultrasonografi
• Tiroid ultrasonu- Tiroid biyopsi- tiroid kanseri tanısı
• Meme ultrasonu- meme biyopsi- meme kist tedavisi
• Karaciğer biyopsisi
• Akciğer biyopsisi
• Pankreas Biyopsisi
• Prostat füzyon biyopsi (MR ile ultrason birleştirilerek perine -makat ile testis arası- bölgesinden geçerek prostat biyopsisi)
• Kemik biyopsisi
• Lenf bezi ve tükrük bezi biyopsisi
• Karaciğer tümör ablasyon tedavisi (radyofrekans veya mikrodalga ablasyon)
• Kemoembolizasyon (TAKE: Karaciğer tümör tedavisi)
• Diğer bölgelerdeki tümör embolizasyonu (Damar yoluyla tümör tedavisi)
• Radyoembolizasyon tedavisi (TARE)
• Subkutan venöz port takılması ve diyaliz katateri-santral venöz katater yerleştirilmesi
• Perkütan kolesistostomi (genişlemiş safra kesesinin dışarıya drenajı)
• Safra yolu tıkanıklık ve darlık tedavisi; PTK ve perkütan safra yolu drenajı- safra stent tedavisi
• Perkütan nefrostomi ve Üreter (idrar yolu) dilatasyonu
• Karaciğer-böbrek kist ve kist hidatik tedavisi
• Abse drenajı
• Karın içi ve akciğer sıvı toplanmalarının tedavisi (asit, plevral efüzyon drenajı)
• Varis tedavisi (skleroterapi, RF veya laser ablasyon)
• Kalp dışındaki tüm damarların anjiografik değerlendirilmesi (DSA) ve darlık-tıkanıklık tedavisi (balon, stent)
• Derin ven trombozu (toplardamar tıkanıklık) tedavisi
• Uterin myom (fibroid) embolizasyonu (UFE, Myom embolizasyonu)
• Bilgisayarlı tomografi (BT-CT) eşliğinde tüm girişimsel işlemler (biyopsiler, ablasyon, çöliak ganglion blokajı ile ağrı tedavisi)
• Osteoid osteoma RF ablasyon tedavisi
• Prostat kanserinde fokal tedavi (nanoknife İRE tedavisi)
• Obstetrik ultrason ve obstetrik doppler ultrason
• 2. Düzey ultrason - 4 boyutlu gebelik ultrasonu